据香港特区政府新闻公报，为确保“港车北上”有序落实，粤港政府同意在计划推出初期就接受申请数目设置上限，并将以电脑抽签方式分配。开放申请后首周每个工作日接受200个申请，由第二周起每个工作日接受300个申请，之后会检视申请情况，逐步提升接受申请数目。申请人须先通过“港车北上”指定网站登记电脑抽签。第一轮抽签报名日期为5月29日及30日，并于5月31日公布抽签结果。中签者可在6月1日上午9时起按电脑系统随机分配的日期于指定时间内递交“港车北上”的申请。